Plus de 100 onsens, un certain nombre étant intégrés à un Ryokan, se trouvent ici :
http://www.secret-japan.com/onsen/ l'embarra du choix !
Comme pour les hôtels en France, les prix des Ryokan peuvent énormément varier, donc difficile de te donner une idée précise. En général, les «vrais» ryokan ne fonctionnent qu'en demi-pension (petit-déjeuner et repas du soir, donc) ; pour ce type de prestation je dépense en général entre 8000 et 13000 ¥ par personne, mais ça peut monter bien plus haut (plus de 70000 ¥...). Le site suivant est pas mal pour te faire une idée un peu plus sur les prix :
http://www.japaneseguesthouses.com (il y a un classement par région et par fourchette de prix).
Sinon, bien sur que se baigner dans un onsen l'été se fait, c'est même particulièrement relaxant après une journée de tourisme !