Ce site est un peu la référence des voyageurs anglophones :
http://www.hyperdia.com
Attention pour les prix, il est important de lire le prix sous la rubrique "Total". Par exemple pour les shinkansen, les prix sont présentés sous la forme :
Total:¥ 14,250(Fare:¥ 8,510 Seat Fee:¥ 5,740)
Il y a donc le prix pour la distance (fare) et le prix de la surcharge pour shinkansen (seat fee). Peut également s'y ajouter une réservation de siège de quelques centaines de yen au plus, même si l'on peut toujours voyager sans réserver sa place.